Nos cursos de ensino presencial há alunos ordinários, extraordinários e ouvintes. O aluno ordinário inscreve-se em todas as disciplinas, frequenta as aulas e submete-se às provas de avaliação.

O aluno extraordinário inscreve-se apenas em algumas disciplinas, frequenta as aulas e submete-se às provas de avaliação.

O ouvinte, não sendo propriamente aluno, inscreve-se nas aulas de uma disciplina, quando devidamente autorizado pelo Director do ISCRA e não tem direito a provas de avaliação.

Nos cursos de ensino à distância são apenas admitidas duas categorias de alunos: ordinários e extraordinários. No Curso de Licenciatura em Ciências Religiosas somente são admitidos como alunos extraordinários aqueles que não tenham como objectivo a obtenção do grau académico e do respectivo diploma.